Если вы не меняли настройки единиц измерения, то блендеровский 1 метр равен 1 миллиметру в STL (или OBJ).
Либо учитывайте это при моделировании, либо увеличивайте модель в 1000 раз перед экспортом.
Судя по выделению, голова является отдельным от тела мешем, нужно их объединить (CTRL+J) и слить совпадающие вершины (M-> by distance). После этого этого указать веса при помощи Weight paint
Используй ноду "Object info" , вывод "Color". Этот параметр берется из Viewport Display -> Color, который задаётся для каждого объекта отдельно. Таким образом у тебя будет один материал на все объекты, диффузный цвет которого меняется исходя их атрибутов объекта.
