Контрольные суммы положить в 3-й файл.
Вопросы/ответы считали и, по 3-му файлу, проверили.
Не совпали - выводим: "Нарушена целостность файлов теста.".
Бонусная "закусь": Можно и контрольную сумму самого файла КС положить в него же. Тогда вообще будет сложно что-либо поправить даже при открытых ответах (чистым текстом).
