Если у Вас в INI - база данных на 1Гб, то лучше - прочитал настройку и закрыл файл.
Если INI как у всех (в несколько килобайт) - то читаете и держите в памяти только те, которые будут постоянно использоваться при работе с программой (другие переменные - убиваете, освобождая память).
При открытии окна конфигурации в программе - проверяйте соответствие информации на диске (считываете снова данные из INI) и те, что в памяти:
1. недостающие параметры (от которых освободили память ранее)- считываете снова из INI-файла.
2. при несовпадении списка параметров или их свойств, сообщаете пользователю: "Файл настроек на диске изменен. Обновить настройки данными из файла или использовать текущие?"
Тоже самое делайте при выходе из приложения и проверяйте целостность структуры данных, находящихся в INI-файле. (сообщите пользователю, если что-то не так, включив таймер на операцию по-умолчанию)