1. На PHP: делаем merge всех стилей в ДВА файла:
1.1 Critical CSS (для всех страниц), минифицируем и вставляем inline-ом в head.
1.2 Additional CSS (для КОНКРЕТНОЙ! страницы или единый для всех): также, минифицируем и кэшируем на сервере, вставляем перед закрывающимся тэгом BODY.
2. Include-ом на PHP: расставляем в шаблон и отдаём страницу.
3. Не забываем настроить время кэширования Additional CSS в заголовках сервера.
Тоже самое проделываем с JS, кроме того, что Critical JS - лучше избегать.
Все сторонние скрипты - грузим после своих (с нашего домена) и в асинхронном режиме. (defer)