По идеи должны быть 2 директории, одна для разработчика, другая для пользователя, т.е продакшн версия.
Лучше всего использовать препроцессоры,
делать файловую структуру, подключая через import все файлы в один и компилировать его в продакшн версию.
К странице в идеале подключать один минимизированный файл со стилями и также файл со скриптами.
При внесении каких либо изменений, необходимо работать с версией для разработки, в которой организована удобная файловая структура. Вносите необходимые изменения, компилируете и обновляете файл на сервере.
PS. Для компиляции, сборки и т.д лучше использовать сборщики для автоматизации, например тот же
gulp