Если кто-то когда-то столкнётся с аналогичной проблемой, вот как я её решил:
1. На чистую систему, в которой ничего не было кроме доступа по SSH я накатил графическую оболочку XFCE и XRDP.
2. Установил XARCHIVER, он пригодится во время обновления системы. Пытаясь обновиться без него, я однажды столкнулся с проблемой, что какой-то пакет криво стал, откатиться уже не вариант, установить что-либо ещё тоже не вариант, а для того чтобы переустановить пакет, его нужно удалить через терминал, скачать, разагрхивировать и инсталлировать. Но разархивировать я его не мог, как и поставить архиватор. Пришлось всё делать с нуля.
3. Затем просто обновлял систему. С 14.04 до 16.04, а затем с 16.04 до 18.04. Как только система будет обновлена, установите обновления на все имеющиеся пакеты.
4. Затем подключаетесь по RDP и буфер обмена начинает работать сам по себе, без молитв и танцев с бубном.
