Сергей Горячев

Потому, что before считается дочерним элементом, а дети не могут быть ниже родителя.
Они берут свой z-index от родителя в приоритете.
https://jsfiddle.net/v5hyn0d1/ еще одна обертка решит проблему, так тень и кнопка будут детьми wrapper'а, поэтому их можно будет перемешивать z-index'ом.

a {
  position: relative;
}
a:before {
  content: '';
  position: absolute;
	background: rgba(0,0,0,.6);
  opacity: 0;
  left: 0;
  top: 0;
  right: 0;
  bottom: 0;
  width: 100%;
  height: 100%;
}
a:hover:before {
  opacity: 1;
}

body { margin: 0; padding: 0; }

Хотя, хз, о каком отступе речь. Там ещё br между дивами не понятно для чего.

Эта задача решается отлично без переноса.

Ширина 24.96 почему? Ровно 4 блока, значит 25% ровно должно быть.

Можно использовать "пошаговое" уменьшение.
Сжимая окно сайта, смотреть, на каком разрешении экрана "ломается" верстка и уменьшать / переносить / выключать элементы верстки.
Подход кропотливый, но не создает проблем в виде перевестки на бутстрап.
Но в большинстве своем, куда более качественный, чем та же адаптация сайта на простой бутстрап.
Количество "шагов" и размер "шага" определяется всегда индивидуально.
Готовой "таблетки" при таком рецепте нет.
Я чаще всего использую шаг 50 или 100 пикселей.
Плюсом этого метода является возможность удобно разместить все элементы адаптива в отдельном файле css.
Называть можно как угодно его, у меня всегда media.css, подключается после основного файла стилей.

@media screen and (max-width: 1200px) {
    .content {
        font-size: 50px;
    }
}
@media screen and (max-width: 1000px) {
    .content {
        font-size: 44px;
    }
}

Запретить выделение совсем

.menu {
  user-select: none;
}

либо сделать меню на флексах

.menu {
  display: flex;
  flex-direction: row;
}

либо тупо написать в одну строку

<a class="text">портфолио</a><a class="text">цены</a><a class="text">контакты</a>

Пробелы появляются между инлайновыми элементами.

То есть ALL никак не наводит на мысли?)))

$('iframe').wrap('<div class="embed-responsive"></div>')

Я бы картинку сделал фоновым рисунком.

Судя по скрину, это можно решить обычный линейным градиентом.