Сложные системы делают с помощью php framework-ов (yii,laravel,symphony и т.д.), сегодня мало кто пишет голым php.
Если речь о типовой задаче, как "интернет магазин" то иногда есть смысл использовать готовые sms для этого. Их множество и подбирать стоит под конкретное ТЗ. Например bitrix, shop-script, magento.
Но используя CMS о развитии речь идти не будет, так что я бы на Вашем месте плотно занялся изучением какого-нибудь php framework и сопутствующих технологий.