На данный момент поисковые роботы понимают javascript и могут понимать ajax, но не все. Надо эксперементировать. Для начала посмотрите как Ваш сайт индексируется. По каким запросам вылазит в поиске и т.д.
Помню что раньше робот не ходил по ссылке с GET запросами
Как? А по каким? По POST? Глупость полнейшая.
если вынесу все страницы за пределы корня сайта, чтобы к ним не было прямого доступа, это помешает роботу её индексировать?
Робот не ходит по файлам, он ходит по ссылкам и индексирует то что доступно пользователю из браузера. Хоть на соседний сервер их положите.