Здравствуйте!
Ответ на ваш вопрос элементарный, итак по пунктам:
1.Заходим в папку CMS
2.Создаем файл .htaccess
3.Записываем следующий код туда
RewriteBase /cms/
RewriteEngine On
# Allow any files or directories that exist to be displayed directly
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php?q=$0 [QSA,L]
Вот и все, согласно правилам .htaccess который находится ниже, перебивает действия того который находится выше.
Надеюсь решил ваш вопрос!