Я бы сказал - да, влияет. Яндекс использует все источники данных для оценки. Свои "автоцели" они также не зря так навязчиво втыкали и активировали. С их помощью он пытается оценить микроконверсии и конверсии. Если сайт не продаёт, а должен бы - это, вероятно, не совсем хороший сайт.
Во времена экспериментов с накруткой ПФ я это использовал, и это работало. Как минимум, это источник информации, что именно пытается оценить Яндекс и какие данные использует. Ликвидация автоцелей с нулевыми показателями и проработка реально коммерческих целей давала неплохой буст.
Сейчас у них акцент сместился в сторону собственных задач (экосистема Яндекса, фиды товаров и услуг сразу на выдаче и т.п.), однако это не значит, что оценка конверсий потеряла значение - просто, возможно, приоритеты отдаются конверсиям по другим каналам.
Как минимум, я бы снёс из метрики ненужные автоцели типа "просмотрел больше 1 страницы", "написал в ватсап" и т.п. - и те, что вообще не работают и показывают нулевую конверсию.
