На секунду показалось, что как будто это я писал года 3 назад. Был похожий стек и те же вопросы, пока окончательно не выгорел. За год до этого полностью перешёл на Linux. Потом прошел курсы и поменял работу.

По теме. Тупой тот, кто не хочет и не может учиться. Рутина без развития демотивирует, работа и профессия должны нравиться. Вы уже начали, значит вопрос решается и это хорошо. Возможно потеряли пару лет - стабильность затягвает, у меня так и было, но теперь вы знаете что делать дальше. Нужно составить план и делать. Попробуйте канбан доски в trello - мне очень зашло. Будет некая игрофикация процесса обучения, приятно когда закрыл ещё одну "таску" и видно объем проделанной работы. Ну или можно купить какой нибудь крутой курс слёрма, но лучше с начала самому - всё основное есть в свободном доступе. Ссылки в конце.

Начать я бы рекомендовал с linux как основная ОС, а на работе внедрять IaC и мониторинг - ansible, terraform, docker, docker-compose, gitlab, AWX, Portainer, Prometheus, ViktoriaMetrics, Graylog, Loki. Те же агенты zabbix можно раскатывать ansibl'ом, автоматизировать это все в gitlab ci. Провижинить вм terraform'ом. В zabbix api можно много чего автоматизировать. Например, автоматическое добавление новых хостов. Поднять всё, что можно в docker, разобраться с docker-compose. Кубер можно локально посмотреть minikube, поднимается за 10 минут. Для кубера поставьте Lens - не тру конечно, но в нём наглядно видна структура сущностей кубера.

Пару ссылок по теме:
https://infinite.education/skillset/linux_administrator
https://www.youtube.com/@KirillSemaev
https://github.com/milanm/DevOps-Roadmap
https://www.youtube.com/@ADV-IT/playlists
https://github.com/bregman-arie/devops-exercises
https://landscape.cncf.io/?grouping=category&zoom=60
https://kubernetes.io/ru/docs/tutorials/kubernetes...

У zabbix агента есть два режима - активный и пассивный, но часто используется пасисвный с прокси сервером для снижения нагрузки с основного серверах zabbix.
Про UserParameter- у вас на каждом сервере разные настройки? Устанавливайете тоже вручную? Для установки агентов на windows можно использовать групповые политики или ansible для всех ОС. Либо python скриптом по ssh, либо powershell. Либо bash скриптом. Вариантов много. Также зависит от вашей версии.

Также конфигураций может быть несколько(см. Include) и можно с начала ставить агент с основным конфигом и общими для всех хостов параметрами, а потом раскатывать уже кастомные конфигурации что решается также как я описал выше. Потом настроить автообнаружение.
Также у zabbix есть API с помощью которого можно много чего автоматизировать. И см. youtube, там много инсттрукций что как настраивать.

настроить отдельный прокси-сервер и настраивать приложения на работу через этот прокси

Что может быть и что можно сделать. Я бы начал с бэкапов данных. А если есть возможность переустановить или откатить на момент когда все работало то я бы так и сделал т.к. нет гарантий, что вручную все до конца удалится и не останется уязвимостей. А дальше нужно мониторить, вовремя ставить обновления, проверять на вирус и т.д. У битрикса же вроде были свои антивирусы и файрвол.

Игрофикация
https://sber.geecko.ru/
https://luxcity.geecko.com/
https://py.checkio.org/