Что может быть и
что можно сделать. Я бы начал с бэкапов данных. А если есть возможность переустановить или откатить на момент когда все работало то я бы так и сделал т.к. нет гарантий, что вручную все до конца удалится и не останется уязвимостей. А дальше нужно мониторить, вовремя ставить обновления, проверять на вирус и т.д. У битрикса же вроде были свои антивирусы и файрвол.
