В итоге сделал так:
1) загрузил установщик Ubuntu Server в UEFI. Установил Ubuntu на второй диск в деградированный RAID1 из одного диска вместо двух;
2) загрузил существующую систему через Legacy; подмонтировал деградированный рейд в папочу, всё там удалил, рсинкнул туда существующую ОС (с сохранением прав);
3) поправил fstab, зачрутился в примонтированную папку, обновил GRUB;
4) загрузился через UEFI, увидел что перенесённая система работает, добавил в массив первый диск (предварительно создав такие же разделы);
5) скопировал содержимое /boot/efi в efi раздел первого диска. Теперь система грузится с обоих дисков в режиме UEFI;