В InnoDB нельзя, в MyISAM можно.
1. Убедитесь что у вас batch insert а не по одному.
К примеру
INSERT INTO my_table (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9);
А не
INSERT INTO my_table (a,b,c) VALUE(1,2,3);
INSERT INTO my_table (a,b,c) VALUE(4,5,6);
INSERT INTO my_table (a,b,c) VALUE(7,8,9);
2. Тут некоторые трюки
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/optimizing...
3. Почитайте тут еше
stackoverflow.com/questions/5613756/mysql-pause-in...