svsova, что это не проблема с firewall. Наверно что-то с параметрами.
Что конкретно - не знаю.
Я не работал с Яндексом. Вижу что инструкции есть разные.
Попробуйте разные варианты, например https://snipp.ru/php/smtp-phpmailer#link-yandeks-pochta
johand, в России его зовут терапевт, в Израиле "семейный врач", в других странах не пользовался. Пожалуйтесь ему на сонливость, по результатам осмотра и анализов врач или посоветует что-то, или пошлет к эндокринологу и прочим специалистам.
И бежит все вместе - и апачи, и БД?
Проверьте логи базы и линукса. И free, или "top -b -o +%MEM | head -15" пришлите пож-ста.
То, что зависает база, выглядит очень странно.
Сравните данные. Размер на диске часто больше чем размер данных.
Кстати - data directory вы склонировали?