Валерий Рябошапко

Нет, это, безусловно, не смертельно, может немного понизить производительность. Если Вы не замечаете существенных лагов, можно смело забить - оно не стоит мороки с переносом сотни гигабайт.

Если Linux интересует только с точки зрения пользователя (то есть не нужны глубокие знания в администрировании), очень советую эту книгу, она научит самому главному - магии консоли и скриптов. Без этих навыков Вы не ощутите и половины плюшек от миграции.

Ну и, безусловно, лучшей помощью будет друг-линуксоид, так как смена ОС - очень индивидуальный вопрос, одни детали кажутся очевидными, к другим не знаешь, с какой стороны подступиться. Хорошо, когда есть человек, который невнятное бормотание сможет перевести хотя бы в осмысленный запрос в гугль :-)

В принципе можно засунуть куда угодно, UNIX-way и всё такое :-) Но вообще принято класть в /var/www/domain.

Причём, если позволяют используемые приложения, желательно скрипты положить так, чтобы они лежали отдельно от статики и не могли быть никак доступны извне. Например, скрипты прямо в /var/www, а статика в /var/www/static и в DocRoot сервера прописан именно /var/www/static.

ssh remote.server.ru "grep needle /path/to/file"
Как-то так. Выведет то, что найдёт grep. Соответственно, grep можно заменить на tail, head, sed или любую другую команду. Если манипуляция какая-то шибко сложная (потребуется много разных кавычек), то можно использовать heredoc, передать скрипт на стандартный ввод ssh.

ssh remote.server.ru <<CODE
awk -F';' '/pattern/ {print $3}' /path/to/file
CODE

Но это при условии, что скрипт будет запускаться ручками, то есть Вы сами введёте пароль от учётки на удалённом сервере или пароль от ключа. Если нужно делать это автоматически, то лучше на стороне удалённого сервера написать скрипт, который эту строку будет по какому-нибудь HTTP отдавать.