большие проекты останутся на java, т.к. фреймворки, масштабируемость и предсказуемость
храни их в базе данных, выбор которой в зависимости от того что хранить и какие запросы нужно делать.
недостаток - операция записи в файл не атомарны, при многозадачной записи либо городить файловые локи либо центральный сервис, либо разделять потоки по отдельным файлам