Игорь, похожая проблема у меня появляется в разделах, где св-ва фильтр заполнены не у всех товаров. В разделе, где товаров всего 2-3 три, и все соот-но заполнены, фильтр появляется.
Yastr, настройки, отмеченные в скрине ниже - стандартные, описанные в доке. Я думал ты все это настроил. Бывает что при правильной настройке не работает - когда шаблон устарел или не заточен под компонент.