Ты получается делаешь операцию добавления а надо изменения. Ну или у тебя поля не так переданы возможно. Вот как я это делаю если надо изменить поля сущности с помощью нового API.
У меня это в классе поэтому надо заменить this на свое.
В массив $fields надо передать поля которые будешь править в формате:
$name // Имя поля
$value // Значение
$fields['UF_FIELDS'][$name] = $value;
Сам код:
$item = $this->factory->getItem($this->entity_id);
$item->setFromCompatibleData($fields);
$operation = $this->factory->getUpdateOperation($item)
->disableCheckAccess()
->disableCheckFields()
->enableAutomation()
->enableBizProc();
$result = $operation->launch();