tzlom

Боюсь смысла в этом будет маловато. Composer не включает в себя VCS типа git, hg, svn, они использует системные. Так что вас запуск с require phar://composer.phar/ и эмуляцией консольного ввода не особо спасет.

В репозитории кладётся db.conf.dist
Далее на выбор:
при установке требование создать свою конфигурацию db.conf на основе эталонной
Или двухуровневый конфиг - сначала смотрим в db.conf, если там искомой опции нет или файла не существует - берём эталонную из *.dist.

Apache2: отредактировать конфигурацию, ограничить MaxClients. В идеале или расположить его за Nginx или действительно использовать связку nginx+php-fpm. Apache2 - это не web-сервер, а сервер приложений в первую очередь, стоит это учитывать и грамотно использовать.

Mysql: используйте mysqltuner.pl для выявления узких мест в конфигурации, ограничивайте максимальное использование памяти, изменяя указанные скриптом переменные. Рассмотрите вариант использования Percona или MariaDB.

Для отслеживания потребления ресурсов пользуйтесь htop.