Насколько мне известно, NavMesh для запекания использует не коллайдер, а сам Mesh объекта, поэтому, раз у одного из домов отсутствует дно, он его игнорирует. В данном случае единсвтенное решение - поставить коробку по размеру дома и с включенным Static. В принципе, ничего плохого в этом нет, иногда это даже лучше - в случае сложной сетки у меша. Учитывая, что это занимает доли секунды, почему бы не использовать этот workaround?