Для 6-ти человек хватит и половины указанной конфигурации(если они, конечно, не разработчики).
> Что лучше выбрать в качестве сервера? Обычный пк или сервер?
Серверное железо надёжнее и производительнее, но и дороже. Если есть средства - лучше, конечно, на нём организовывать - но стоит ли покупать компьютер за несколько килобаксов только для развёртывания 1С для нескольких бухгалтеров, которые раз в месяц будут обеспечивать пиковую нагрузку, а в остальное время неспешно отправлять платёжки?
> Можно ли купить обычный компьютер и установить на него Microsoft server 2012?
Безусловно, и серверная ось вовсе не обязательна.
> Ubuntu шеф не хочет даже рассматривать.
Целиком его поддерживаю(я не ubuntu-фоб, но не стоит пихать десктопную ось куда ни попадя, и навешивать на неё лишние функции). Для никсового сервера - Debian, FreeBSD. Кому скучно - Gentoo или Ubuntu.
> Насколько оправдана покупка, например, такого сервера?
(не лучший готовый вариант, т.к. один жесткий диск, следовательно невозможно организовать raid 1)
Снова вопрос - эту конфигурацию хоть на 10% загрузят? Основная нагрузка будет раз в месяц и в основном на проц/оперативку.
> Что нужно еще устанавливать на сервер для корректной работы 1с?
Ничего лишнего, это трата ресурсов. Главное - Сеть. Первым делом проверить, чтобы линк был гигабитным - иначе никакое железо не спасёт. Никаких хабов или свитчей-соток. Прозвонить и переобжать витую.
> Как лучше организовывать бэкапы?
SQLAndFtp - достаточно.
> Нужен ли для этого еще один сервер или можно обойтись, например, компьютером бухгалтера?
Неужели нет отдельного сервера - файлопомойки с самбой и массивом для "особо важного"? В любом случае, хранение бэкапов на одном диске с бухгалтерскими "игрушками" или другими сервисами - зло(хранить бэкапы на одном диске с базой - вообще бессмысленно) - всего один запуск vault - и можно идти в аптеку: за корвалолом для директора/буха и вазелином для себя. Два "красных" двухтерабайтника от двухбуквенного производителя на данный момент обойдутся примерно в 14к деревянных - но спокойствие дороже. Кстати, не будет лишним арендовать VPS или облако за пределами РФ и периодически закидывать туда запароленные архивчики. Помимо этого, сервер пригодится и для других целей...
> Также помимо бухгалтера планируется работа с 1с еще нескольких сотрудников (до 6 человек, включая бухгалтера).
Не страшно.
> Все сотрудники будут находится в пределах одной сети и одного офиса.
Ну, значит, VPN не потребуется :) Не забудьте настроить файрвол.