Создать класс "бактерии", с указанием координат, "уровня", уникального ID(пригодится в будущем). В майн классе создать коллекцию(наподобие Map) и процедурой проверки условий "жизни", добавить таймер. В Map заносить с ключом типа "координатаХ-координатаУ"(по этому ключу находить "соседей"). В таймере цикл перебора коллекции, с отрисовкой результата в конце - визуализация по вкусу(хоть OpenGL). Для возможностей "расширения" и "мутации" - желательно уже использовать родительский и дочерние классы, тогда можно описать различные типы "монстров" и их уникальное поведение.

На самом деле уже ответили, но тоже внесу свои 5 копеек(ибо те же грабли).
Серверная часть Java+Apache mina, база на MySQL, контент на XML(по пунктам - кроссплатформенно, бесплатно, быстро, относительно безопасно, без особых проблем портируемо на С/SQL).
Клиент - Unity3D(на время девелоп - бесплатный, пока что необходимых средств хватает)
Писать собственный движок == безнадёжно отстать от жизни(если, конечно, под рукой нет штата программеров-акул, уже несколько лет занимающихся гейм-разработкой). Чтобы в этом убедиться, достаточно просто прикинуть план реализации какой-нить "элитной" фичи современных игр - например, воды. Внешний вид, неразрывность, отражения, блики, постэффекты, погружение...
Соглашусь по поводу - "не написали ни одной игры, а замахнулись на ММО" - писать ММО, да еще и FPS - нетривиальная задача. Вы смотрели статью, где описывалась система игры CounterStrike компенсации пинга для клиентов для стрельбы? А есть еще много нюансов - отображение целей в реальном времени(чтобы не смотрели через стены), защита от head-aim ботов, контроль передвижения(бегущий со скоростью 20км/ч игрок - спидхак? А если он падает?). Вы сейчас выбираете движок для клиента - но ни слова не сказали о серверной части - а это процентов 70 от всего проекта: как бы ни была красива картинка, но если игрок постоянно вылетает/падает сквозь текстуры/получает бан за мнимый спидхак - игра не будет популярна.
Тем не менее - если нужен готовый конструктор - рекомендую Unity3D
Если есть рукастый прогер - Ogre3D или AnarchySDK
Ну и для стартапа - PureBasic(если вы сейчас улыбнулись - посмотрите с Яндекс.картинках игры на нём, с фотоном и ngui)
В любом случае, удачного старта.

Для 6-ти человек хватит и половины указанной конфигурации(если они, конечно, не разработчики).

> Что лучше выбрать в качестве сервера? Обычный пк или сервер?
Серверное железо надёжнее и производительнее, но и дороже. Если есть средства - лучше, конечно, на нём организовывать - но стоит ли покупать компьютер за несколько килобаксов только для развёртывания 1С для нескольких бухгалтеров, которые раз в месяц будут обеспечивать пиковую нагрузку, а в остальное время неспешно отправлять платёжки?

> Можно ли купить обычный компьютер и установить на него Microsoft server 2012?
Безусловно, и серверная ось вовсе не обязательна.

> Ubuntu шеф не хочет даже рассматривать.
Целиком его поддерживаю(я не ubuntu-фоб, но не стоит пихать десктопную ось куда ни попадя, и навешивать на неё лишние функции). Для никсового сервера - Debian, FreeBSD. Кому скучно - Gentoo или Ubuntu.

> Насколько оправдана покупка, например, такого сервера?
(не лучший готовый вариант, т.к. один жесткий диск, следовательно невозможно организовать raid 1)
Снова вопрос - эту конфигурацию хоть на 10% загрузят? Основная нагрузка будет раз в месяц и в основном на проц/оперативку.

> Что нужно еще устанавливать на сервер для корректной работы 1с?
Ничего лишнего, это трата ресурсов. Главное - Сеть. Первым делом проверить, чтобы линк был гигабитным - иначе никакое железо не спасёт. Никаких хабов или свитчей-соток. Прозвонить и переобжать витую.

> Как лучше организовывать бэкапы?
SQLAndFtp - достаточно.

> Нужен ли для этого еще один сервер или можно обойтись, например, компьютером бухгалтера?
Неужели нет отдельного сервера - файлопомойки с самбой и массивом для "особо важного"? В любом случае, хранение бэкапов на одном диске с бухгалтерскими "игрушками" или другими сервисами - зло(хранить бэкапы на одном диске с базой - вообще бессмысленно) - всего один запуск vault - и можно идти в аптеку: за корвалолом для директора/буха и вазелином для себя. Два "красных" двухтерабайтника от двухбуквенного производителя на данный момент обойдутся примерно в 14к деревянных - но спокойствие дороже. Кстати, не будет лишним арендовать VPS или облако за пределами РФ и периодически закидывать туда запароленные архивчики. Помимо этого, сервер пригодится и для других целей...

> Также помимо бухгалтера планируется работа с 1с еще нескольких сотрудников (до 6 человек, включая бухгалтера).
Не страшно.

> Все сотрудники будут находится в пределах одной сети и одного офиса.
Ну, значит, VPN не потребуется :) Не забудьте настроить файрвол.

Хранить структурированные объекты в файле - не лучшая идея, тем более, таких размеров. Если нет возможности использовать MySQL или другие сервисные БД - возможно, стоит взглянуть в сторону sqlite? Если же нужно именно в файле - тогда стоит обратиться уже к возможностям файловой системы - это SSD диски, RAID1(RAID2, если есть минимум 4 харда) либо RAM-диск(в последнем случае озаботится резервным копированием, а еще лучше - зеркалированием на реальный хард).