system1024

тут два варианта:
1. Общий домен с головной конторой, два AD-сайта (головной и ваш региональный), два КД в вашем региональном сайте. Головные админы должны вам делегировать управление КД и прочими объектами AD, которые относятся к вашему региону (AD-сайту)
2. Поднимаете собственный AD-лес. Как вы назовете лес и домен - дело ваше. Именование объектов - в принципе, тоже на ваше усмотрение, но можно привязаться к системе именования объектов головной конторы. При необходимости, можно поднять доверительные отношения между головным лесом и вашим региональным лесом

Так и нужно делать
Хотя я бы лучше назвал regionname.dc.company.ru. чтобы лес был dc.company.ru
А еще лучше - просто бросил VPN между филиалами, а он 100% уже есть, поставил 2 местных DC и создал ОU филиала в основном домене. Чтобы у командировочных небыло проблем при работе с филиалами.