Один большой лучше не делать. А написать несколько, которые выполняют различные задачи. А тут уже решать на чем писать. Где то хватит и Bash, где то необходим (либо быстрее) тот же PHP. Если грамотно писать никуда ничего не течет. Еще обязательно на демон повесить что то типа monit.
Если есть fastcgi_intercept_errors on; то ошибку с fpm заменит своей при коде ответа 404. Но если прописать error_page 404 /404.html; то нужно чтобы этот файл был в root для location, иначе вернет 404 для 404.
В битриксе при выгрузке товаров и экспорте заказов используется один и тот же механизм авторизации. Как я понял у вас в 1с настроено 2 обмена отдельно. Не может быть что один работает а второй нет. При тесте соединения в настройках обмена выводится ли ошибка?
Прошу прощения заранее если посчитаете это бредом пустой тратой времени но вот www.ajeno.ru/anticp/ пример который немного усложнит жизнь тем кто хочет скопировать ваш контент. Но опять таки есть обратная сторона медали, такой текст не будет понятен поисковикам.
