Безопасность:
популярное любят ломать и выкладывать рецепты в сети. К тому-же ломать легче т.к. есть исходники
Вес: подобные CMS любят предусматривать ВСЕ, в итоге набор функций, класов выростает до весьма внушительных значений. Оно же и приводит к толстому ООП, MVC и разобратся в таком коде будет весьма не легко…
Скорость: CMS не знает для чего она будет использоватся, однако, обязана быть масштабируемой (в плане функционала). В итоге появляется модульность, простые АПИ, общие структуры данных, что почти полностью срезает всякие возможности для оптимизаций.
Стабильность: вышеописанные проблемы часто приводят к 'хакам' движка, которые в свою очередь делают движок нестабильным.
