Кажется, во втором варианте второй цикл не параллелится. Замените input[j] на локальную переменную, чтобы она в регистр упала. Еще может потребоваться промежуточный массив для складывания этих input[j] — чтобы потом одним махом переключить на него после выхода за цикл.

Как отметить — не знаю. Кажется, это вообще невозможно.
Но в настройках Settings/Preferences/Scroll Tracking можно указать, чтобы запись автоматически не становилась «прочитанной» при прокрутке. Действует, конечно, на весь Reader а не только на выбранную подписку.

Ваши обработчики короткие, очевидно.
В Питоне сигналы срабатывают асинхронно с небольшой задержкой.
Думаю, worker успевает закончить свое грязное дело перед тем, как управление перейдет к обработчику сигнала.