Для авторизации без пароля придумали ключи.
Для запуска путти с определенными параметрами надо лишь воспользоваться параметрами запуска.
Параметры в системе менять сложнее, думаю для этого подойдет скрипт на Power Shell c вызовами, например через WMI для изменения настроек internet explorer (Вам же прокси менять надо, как я понимаю?)
