программатор не нужен для ардуины. у них удобная ide лежит на офф сайте, которая прошивает по усб ардуину с помощью специально обученого bootloader вшитого в мегу, которая в ардуине... кароч не суть)))
пишется прошивка на простецком си (ваще простецком), примеров завались. написать прожку, которая будет читать по усб байтики (или даже текстовые строки, что б совсем по простому, если нет опыта особо в программировании) - думаю час максимум (по примерам, они там прямо в меню ide в разделе Serial)
ну и собственно запилить физическое переключение. тут зависит от мощности комутируемой. кнопки размыкают питание усб? если так, то можно подавать питание с прямо с конектов ардуины (кроме 1 и 2 ибо это таки сериал-порт), мощей хватит, ибо карта мало жрет, но втыкать в таком режиме что-то кроме карты не стоит, можно порт убить у меги.
если же там что то другое (более можное), то достаточно добавить транзистор (погуглить комутацию с помощью транзистора). да там вообщем ваще ничо особого. ардуина будет открывать транзистор, а атранзистор будет по-сути заменой кнопки.