Это яркий пример "как делать нельзя", т.е. "так не делают".
Изучай фреймворки, например laravel, а там уже к тебе придёт понимание о структуре папок...
В php скрипте используй глобальную переменную $_REQUEST
ну и конечно тебе нужно настроить свой веб-сервер, чтобы все запросы обрабатывались одним скриптом, например index.php
