В данном случае вы наемный работник, все что вы сделали принадлежит работодателю, если иное не оговорено в договоре об оказании услуг или договоре подряда.
Использовать криптографию в личных целях как физическому лицу так и в личных целях компании включая клиентов можно без лицензирования. Если же вы производите криптографические средства для продажи то нужно получать лицензию у ФСБ.
