Адрес 169.*.*.* присваивает сама винда, когда не может получить адрес от DHCP сервера. Так как на части компов с адресами все нормально, то вероятные проблемы на стороне клиентов:
1. Проблемы в работе DHCP-клиента. Помогает команда netsh winsock reset
2. Клиент запрашивает адрес, но не получает его. Фаервол может резать ответы от сервера. Добавить явное правило пропуска входящих udp пакетов на 68 порт.
И еще, проверьте на какое время выдается адрес, обычно роутеры выдают на час, или того меньше. Если сеть небольшая, и компов мало, можете увеличить время аренды адреса на роутере, допустим на пару недель. Тогда клиенты после получения адреса не будут долбить dhcp-сервер своими запросами.