Артем: выглядит что проблема с сетью. Но, проверьте нагрузку на сервер (cpu, mem, io, net) в момент подключения. Как попросил Андрей Михалёв приклепляйте конфиг nginx, еще его посмотрим.
MelVad: часть про listen у вас верная, поэтому врядли проблема в этом конфиге. Перед nginx ничего не стоит? Включите debug логирование и смотрите что там будет nginx писать
junart: по вашей задаче не ясно до какого порядка вы хотите идентифицировать клиентов.
Я предлагаю сделать так: клиент приходит к вам и вы ему выдаете куку, уникальную на всех пользователей.
Работать будет на всех устройствах где разрешены куки, в том числе и в мобильных устройствах.
Любая аналитика (я.метрика, гугл аналитика) так работает.
В конфиге nginx.conf у вас написано:
user apache;
Это значит что вы запускаете сервер nginx от пользователя apache и скорее всего с группой www-data.
Изучите nginx, или отдайте задачу фрилансерам-знакомым админам.
То что у вас запрашивают какие-то страницы с bitrix -- либо где-то остались ссылки (если там был битрикс) либо у вас ищут уязвимости по открытому списку (так делают со всеми хостами и тут ничего страшного нет, если у вас весь обновленный софт)
Если кратко и в контроллере, то так:
$this->getFile()->move(
$this->getUploadRootDir(),
$this->getFile()->getClientOriginalName()
);