sledopit

вставлю свои 5 копеек:
2. вообще в Linux испокон веков программы размазываются по каталогам, потому что так гораздо удобнее со многих точек зрения. однако, если есть желание поизвращаться и получить аналог Program Files: you're welcome to GoboLinux.
3 и 4. Насчет аналога программ, да и вообще насчет переползания с Windows на GNU/Linux. Первое и самое главное правило: Linux это не Windows. Здесь все работает по-другому, и совсем не стоит искать программу такую же, как у меня была в винде. Кто знает, возможно через пару месяцев Вы будете пользоваться tiling wm + firefox + rxvt + куча консольных демонов и утилит (mpd, vi, mplayer, rtorrent, etc) и с недоумением смотреть на людей, возящихся с кучей непонятных окошек. А возможно вы плюнете на этот убогий GNU/Linux и вернетесь в уютненький Windows.

при безумных количествах могут возникать некоторые неудобства в работе, некоторые из которых повергают неопытных пользователей в панику (:
например, df -h показывает что места еще 20 гигов, а файло не создается, рапортуя, что закончилось место (бывает только, если иноды закончились) или не работают rm * и многие маски (шелл ругается на большое количество аргументов).
а так, чтобы это на производительности сказывал, что-то не наблюдал.

вы так настраивали общую папку?

не совсем линукс, но отличный вариант.