2 месяца были похожие подвисания и тормоза при копировании. Даже при установке софта через apt-get на моменте reading database xx% жестоко педалило и занимало где-то 40-50 секунд. Проц не загружен. Память свободная и т.д. Думал винт. Проверял на бед сектора пару раз. Все чисто. Потом система упала и не поднималась никак.
Купил новый винт. Узнал что reading database занимает секунды 2 макс и забыл про тормоза и подвисания.