tmr: посмотрите в событиях чем занимается система в это время. Стоит ли файловый антивирус, может быть в нем проблема. Какие роли выполняет сервер - это может быть хост виртуальных машин и с диском работают они поэтому логи и пустые. Сетевое взаимодействие с диском?
tmr: первое что нужно сделать в этой ситуации смотреть в сторону накопителей и кабелей данных. Тем более судя по описанию у вас не серверное железо, конфиг бы дали.
Я уже написал что я противник именно синхронизации, делайте копию бэкапа после его выполнения отдельно скриптом (должно поддерживаться в ПО, выполнить по завершении).
Max: если порты открыты в фаерволе то доступные ресурсы должны видеть все кому разрешен доступ, права на ресурсы могут быть отрезаны через НТФС (безопасность).