Оно и не будет работать, так как Veeam перелопачивает архив, а не добавляет ему блоки в конец. Это аналог того, что у вас есть большой документ, и где-то в его середине были изменены данные. Для того, чтобы не копировать всё, софтина должна просматривать весь файл и копировать только изменившиеся блоки. Теоретически, такое умеет делать rsync.
Я вас правильно понял, что вы synthetic full ежедневно делаете?