Описание очень запутанное.
особенно не верно
Когда мы делаем ссылку на объект, массив, по сути мы копируем
Тут же так и говорится. делаем ссылку. значит не копируем. как по телевизору рыбов показываем, но не продаём.
Если нужно скопировать объект, то можете использовать оператор спреда ..., или Object.assign({}, YourObject), но они могут не до конца скопировать и по ссылке всё равно будет изменяться оригинальный объект, если так, то JSON.parse(JSON.stringify(YourObject)) вот это подойдёт. Для массива [].concat(YourArray) это подойдёт. В противном случае меняете в оригинальном по ссылке.