Давненько видел выступление на конфе одного руководителя фирмы по клепанию сайтов для РФ
Так вот у них была отработа процедура, когда каждый етап прописывался в договоре
(насколько я помню) етапы в договоре со стороны разраба подтверждались заказным письмом, а со стороны заказчика оплатой
С четкими сроками для заказчика для отправки претензий после заказного письма
Те пришло письмо, что етап готов, если в течении 5 дней нет претензий, считается, что претензий нет и дальше требуется оплата за етап в течении х дней
Вся процедура описана в договоре