Почему вы не хотите перейти на хардварную виртуализацию? Экономия? Зато сколько времени потеряно.
У Вас сейчас хостер может перейти к вам в контейнер командой vzctl enter и ваши ключи ему не нужны, данный вход даже записан не будет.
1. Может ли быть так, что системные файлы поменялись сами собой?
Системные файлы сами поменяется не могли, если у вас в кроне не было yum -y update.
Смотрите логи /var/log/yum.log
2. Является ли такое изменение, подтвержденное 4 разными способами, доказательством взлома?
Нет не является.
3. Если взломана хост-машина — как правильно поступить? Кроме моих проблем есть ведь еще и проблема с тем, что другие пользователи не в курсе.
Менять систему виртуализации, а не экономить.
