Перевожу то что вам сказали.
1. Выучите права в линукс вам это понадобится, включа владельца и группу.
Притом
поняв что это такое а не просто ага я понял.
Каким образом идет переключение между группами прав, и как 642 попасть в 6 как в 4 как в 2.
secuid\setgid\sticky пока не обязательны их выучи после того как поймешь остальное.
после этого вам точно будет понятно в чем проблема.
Проблема же в следующем вы подключаетесь по ssh от одного пользователя с его правами на файлы
которых очевидно не хватает.
Включая рут который может сам себе запретить эти права ( правда может и разрешить)
Все что вам нужно это или войти от пользователя от котрого у вас работет сайт.
Или от рута но потом желательно все-равно выставлять нужные права.