# если в урле нет домена
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(.*)/mysite\.com(.+)
# то добавить его
RewriteRule ^(.*)$ http://localhost/mysite.com/$1 [R=301,L]
sed -i 's/ScriptAlias \/php-bin\/ \/var\/www\/php-bin\/user2\//новый текст/g' /etc/site-enabled/lalala.confsed -i 's/было/стало/g' файл.*ScriptAlias .* заменить на новую строку
К примеру битрикс обмен с 1с. В общем не самая лучшая идея.
Есть канонический способ, смысл крутить костыль в том месте где он не нужен