Виктор Таран

Особо смысла нет, в этом есть и плюсы и минусы.
минус нельзя дать ссылку например на определенную страницу, по крайней мере клиент не может этого сделать, скидываются фильтры и тд и тп.
Так же нужно не забывать что гугл клал на ваш аякс медный таз. и проиндексирует и все за ним.
Так же что гугл что яндекс слушают рекомендации robots.txt но класть на них могут так же легко.
самый простой вариант
1. роботс тхт запреть ииндексацию всех гет параметрров или что у вас там в урле.
2. сайтмап
3. риал каноникал на всех страницах, в моем случае если на ней есть гет парметр то вставить риалк каноникал на нее без гета.
А аякс можно убрать, но можно и оставить.

vi /etc/fstab

post_max_size
max_file_uploads
upload_max_filesize

ищется в гугле за 3 секунды
Если не получается то
phpinfo в студию
ну и логи

ISPConfig - если вы умеете делать 100% его функционала руками, значит вы не менеджер а как миниум очень и очень нехилый линукс администратор.
Чем он может быть полезен опытному пользователю
1. исключение человеческого фактора в кон фигах.
2. Ускорение работы, как бы вы быстро их не писали а кнопочку нажать быстрей.
3. При нескольких стоянях сайтов возникают разные требования которые должны выполнять как клиенты, так и менеджеры и тд и пт, посколкьу не все же вам делать.
4. Заменяемость вас, пока вас нет ( отпуск болезнь) люли могут делать все сами.
5. Наличие какого-никакого стандарта и АПИ.

Когда 3-5 сайтов может админка и не нужна.
Но когда их сотни то да она действительно нужна, или когда их нужно постоянно добавлять убавлять, работаь с записями ДНС, почтой фильтрами тд. Все же админка генерет достаточно много конфигов, и смысла писать их тупо нет.
6. Если же у вас есть знание и лишнее время ( а писать конфиги руками это оно и есть) и есть четкое понимание работы линукс.
ТО потратить их лучше на развитие самого проекта, дабы стать разрабом легко, а не тратиь свое время просто на самолюбование своей крутость.
Знаниями нужно делиться, дабы в панели есть че докрутить и доделать

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^domain/img/.*$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^domain/video/.*$
RewriteCond %{REQUEST_URI}  .....
RewriteCond %{REQUEST_URI}  и так далее, это  и если, и будет копиться условия до первого рула, ! - знак отрицания.
RewriteRule  а тут что должно произойти

default_server
используется 1 раз на сервере и служит как /dev/null для не разобраных запросов, а не все подряд как вы думаете.
Оно нужно для того чтобы показывать вам картинку здрасти вы на севрере но что-то пошло не так.
Особенно когда еще ни один сайт не привязан к серверу а показать его работоспособность нужно.
Дабы не вводить в смущение сервер прописывате нормальные имена сайтов.

server {
        listen 8002;
        server_name site2.ru www.site2.ru ;
        root /var/www/site2.ru
...