оно хранит данные упорядоченно по первичному ключу. аналог IOT из Оракла или кластерного индекса MS SQL. В вашем случае не надо вторичные индексы делать
нет поиска по проекту. хреновый автокомплит. нет встроенного хэлпа по функциям (я например за 5 лет так и не запомнил порядок параметров в str_ функциях). нет подсветки синтаксических ошибок.
а, все равно никто не знает. поэтому расскажу. при передаче по ссылке явно, задействуется механизм рефкаунтеров. на него и уходит время. при передачи просто так, копирование происходит только если значение переменной меняется. но и рефкаунты не задействуются. вот такая оптимизация внутренняя.