Сколько новых фич было добавлено в 9.5? Например без upsert я уже не представляю как жил раньше, без ранее добаленного jsonb формата и прочее.
Вы хотите новые фичи в приложении без деградации производительности? :)

javascript.ru/tutorial/Object

Я отсюда изучал. Отсюда же написал по примерам свои решения для наследования и полностью разобрался с прототипами.

Учитывая, что в приведенном выше коде не используется query builder ни от Database ни от ORM (что одно и то же с точки зрения query builder, практически), то в модель ORM, которая наследуется от ORM - перемещать нечего.

Проблема глубже - она в вашем понимании.
Модель в бизнес логике это не только ORM и прочие способы доступа к БД и харнилищам, это полное описание бизнес логики.
По сути classes в Кохане можно использовать для хранения иерархии просто классов, а папку Model для простых и ORM моделей.
Вам надо логику перемещать в простые классы, которые следует создавать по соображениям сущности, которую реализует класс. Тогда будет иерархия классов, взаимодействие объектов, а в контроллере просто их вызов.

Еще раз, главный посыл - модель это не только доступ в БД. :)

В модели БД можно выносить кастомные sql запросы или какую-то пред или пост обработку данных.

Почитайте про ООП и Паттерны.

UPD.

Отрефакторил код. Написал бы как-то так. У вас запутно все. У меня проще.

<?php

defined('SYSPATH') or die('No direct script access.');

class Controller_Products extends Controller_Base
{

    public function action_index()
    {
        // пагинация
        $count      = ORM::factory('product')->count_all();
        $pagination = Pagination::factory(array('total_items' => $count));
        $products   = ORM::factory('product')
                ->limit($pagination->items_per_page)
                ->offset($pagination->offset)
                ->find_all();

        $content = View::factory('prodAll')
                ->set('products', $products);

        //используется в шаблоне?
        $content->pagination = $pagination;

        $this->template->title       = 'Все товары';
        $this->template->description = 'Список всех товаров';
        $this->template->content     = $content;
    }

    public function action_cart()
    {

        $content = View::factory('cartView');

        $content->inCart = FALSE;
        $content->inCart = $this->session->get('product2');

        $this->template->title       = 'Корзина покупок';
        $this->template->description = 'Список ваших товаров';
        $this->template->content     = $content;
    }

    public function action_product()
    {
        //узнаем id материала
        $id   = $this->request->param('id');
        $post = $this->request->post();

        // получаем данные из таблицы "products"
        $product = ORM::factory('product', $id);
        $content = View::factory('prodView')
                ->set('product', $product);

        $this->template->title   = $product->title;
        $this->template->content = $content;
        $content->inCart         = FALSE;

        if (isset($post['Submit'])) {
            $this->processOrder($post, $product);

            Controller::redirect('main/ordered');
        }

        if (isset($post['InCart'])) {
            $this->session->set('product2', $product->name);
        }
    }

    /**
     * 
     * @param array $post
     * @param Model_Product $product
     */
    protected function processOrder($post, $product)
    {
        $clientName   = Arr::get($post, 'Name', '');
        $clientPhone  = Arr::get($post, 'Phone', '');
        $clientAdress = Arr::get($post, 'Adress', '');
        $orderNumber  = Arr::get($post, 'Number', '');

        $post = array(
            'name'          => $product->name,
            'number'        => $orderNumber,
            'url'           => $product->url,
            'client_name'   => $clientName,
            'client_phone'  => $clientPhone,
            'client_adress' => $clientAdress
        );

        ORM::factory('order')
                ->values($post)
                ->save();
    }

}