Сергей Кузнецов

git restore HEAD~3 -- file
Либо в IDE вызвать историю файла

И в окне истории сделать Get на нужном коммите

Пакет filter-branch сейчас заявлен устаревшим и не рекомендуется к использованию.
Пользуйтесь filter-repo – он быстрее и безопаснее.

Команда git addне добавляет файлы, она индексирует изменения в этих файлах.

Изменения в папке сами в индекс не попадут, если вы этого не попросите.
А чтобы файлы в папке не мозолили глаза в списке изменений, временно заигнорьте их
git update-index --assume-unchanged node_modules/*
и добавьте саму папку в файл игнора тоже, чтобы новые файлы не видеть.

Вы всё правильно описали, так и делается.

git fetch # подгружаем актуальные ветки
git checkout -b feature origin/feature # распаковываем ветку
# дорабатываем
git push # обновляем чужой PR

Git Credential Manager запоминает авторизацию в профиле текущего пользователя.
На другом компьютере никто не сможет увидеть ваш приватный репозиторий.
Даже другой пользователь вашего компьютера не увидит секретов.

Не надо удалять коммиты, достаточно отменить изменения, сделанные коммитом.
git revert HEAD

В самом PyCharm вы такой настройки не найдёте. Имя и мыло хранятся в конфигах гита, которые находятся как минимум в трёх местах на диске компьютера. PyCharm достаточно умён, чтобы увидеть, что вы ещё не настроили свой системный Git и выводит красивый диалог для ввода недостающих данных.
Но для редактирования извольте уже открыть терминал и ввести команды

git config --global user.name "John Smith"
git config --global user.email john@smith.com

Подправить подписи старых коммитов позволит команда
git filter-repo --mailmap my-mailmap

Посмотреть в каких коммитах был добавлен или удалён конкретный файл.
git log --oneline --name-status -- '*ignored.txt'

Невозможно "пушить коммиты"! Пушится только целиком вся локальная ветка в какую-то конкретную внешнюю ветку.

Вашу проблему видно тут

Оказывается, последние коммиты вылетели из ветки master, т.е. вот что пишут логи Version Control:
для первого коммита - In 3 branches: HEAD, master, origin/master
для большинства коммитов проекта - In 2 branches: HEAD, master
для последних - In 1 branch: HEAD.

Вы видимо ВЫШЛИ из текущей ветки и сделали checkout на произвольном коммите. Это называется состояние detached HEAD, т. е. когда на коммит указывает только HEAD. Если в таком состоянии начать создавать коммиты, то получится НОВАЯ цепочка коммитов, которая не принадлежит никакой именованной ветке. Так вы и сделали, судя по тому, что ваша IDE говорит что эти коммиты видны только в HEAD.

Как это исправить? Ответ зависит от того, что вы хотели добиться, переключившись на старое состояние проекта. Если нужно было просто отбросить более свежие правки, то надо было изначально делать reset, а не checkout. А сейчас просто сделайте так, чтобы ваша ветка указывала на текущий коммит.
Пересоздайте её локально и во внешнем репозитории.

git branch -f master
git push -f

либо в терминале git reset HEAD
Файлы не изменятся, но отменится их индексация, т. е. сделается unstage

Либо просто нажать кнопочку отмены — Rollback

Не пытайтесь как-то удалить или переименовать Git от Apple. Он защищён системой.
Правильный путь это проверить переменную PATH, чтобы папка с нашим гитом была раньше чем системная. Сами системные пути хранятся в файле /etc/paths
Легче поправить первоисточник, чем копаться в профиле bash, который может и не используется даже. В macOS давно zsh в качестве оболочки.

Итак, запустите любимый редактор от имени root и откройте файл.
Например так sudo nano /etc/path
В Monterey он выглядит так

/usr/local/bin
/usr/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin

Homebrew добавляет ссылку на Git в папку /usr/local/bin поэтому сразу работает нормальный Git. В Catalina приходилось редактировать порядок каталогов.

Если вы хотите вернуть файлы в то состояние, в котором они были в момент последней индексации, то выполните вот такую команду
git restore :/

Фраза You are on a branch yet to be born означает буквально то, что репозиторий совершенно пустой. Вы не сделали ещё ни одного коммита и нет ни одной ветки, поэтому команда checkout бессмысленна. Надо было после индексации git add . сразу всё и закоммитить первым делом.

git rebase --onto main $(git merge-base develop ficha) ficha

В целом Евгений дал правильное решение и рецепт сработает. После перемещения репозитория гит скажет что вы перенесли все файлы в подпапку и придётся создать коммит с этой операцией. Но хоть вы и будете видеть старую историю коммитов, воспользоваться ей будет сложно, так как пути поменялись.

Правильней будет перед перемещением папки .git воспользоваться командой filter-repo, чтобы пересобрать заново все предыдущие коммиты так, как будто репозиторий изначально лежал в на два уровня выше.

Исходная структура папок

mysite
└── application
    ├── backend
    └── frontend
        └── .git

Подготовим старый репозиторий к перемещению

git filter-repo --to-subdirectory-filter application/frontend

Получим такую структуру

mysite
└── application
    ├── backend
    └── frontend
        ├── .git
        └── application
            └── frontend

Затем перенесём всё содержимое папки frontend в корень сайта.
И никаких дополнительных коммитов не понадобилось. Разве что останется только добавить в репозиторий остальной сайт.

Способов много

git checkout .
git restore .
git reset --hard

даже git stash даст желаемое как побочный эффект

Но все эти команды откатят только измененные файлы. Новые файлы не тронут.
Для чистки от добавленных файлов используют git clean -d -f

git init
# добавить в .gitirnore /config/db.php
git add . # загнать остальные файлы под отслеживание
git commit
git remote add origin https://github.com/..........
# на рабочем компьютере удалить db.php из репозитория
# и никогда больше добавлять такие вещи в репо
git pull origin master # влить изменения с компа
# на этом этапе скорее всего вылезут конфликты
# сможете их разрешить прямо на сервере?

Нужно не аккаунты переключать, а давать права на репозиторий. Зачем вам несколько аккаунтов? Достаточно одного.

Либо работать через SSH, тогда аккаунты не понадобятся в принципе.

Отменить pull можно так
git reset --merge ORIG_HEAD
Это делается сразу после pull

а можно ли сделать так, чтобы при git clone папка /vendor на локалку сливалась, после чего убедить git перестать ее отслеживать?

Можно. Разрешаю ))
после клонирования удали папку из репозитория

git rm -r --cached -- 'vendor/*'
git commit

Если папка упомянута в gitignore, то перестанет отслеживаться в рабочем каталоге.
Но удалится в origin/