Что за чушь я только что прочитал? Файл ресурсов загружается classloader'ом, а соответственно, должен находиться в classpath. Обычно, его кладут в специально создаваемый maven'ом каталог resources.
Какую именно процедуру вам надо вызвать? Для вставли или обновления чего? Почему вы вызываете execute у SqlFunction, а не run? Что значит "требует возвращения значения"? И почему из этого следуют ошибки при вызове?
Виталий: вы про версионность, наверное? С её особенностями можно так никогда и не столкнуться, а вот не заметить отсутствия CTE или оконных функций сложно.
Terras: знание хотя бы в общих чертах всего, что входит в JavaEE очень полезно, как для понимания своей профессиональной области деятельности, так и при трудоустройстве.