Михаил, на Heroku посоветую использовать PostgreSQL. На хостингах хоть и обычная файловая система, а потому можно применять SQLite, но лучше тоже использовать PostgreSQL.
Михаил, бывает полезно читать документацию. На Heroku файловая система временная. Платформа может в любой момент перезапустить инстанс вашего приложения, запустить несколько его копий или перекинуть его на другой сервак. Любой созданный файл, включая файл базы данных, при этом исчезает.
Jekson, если обработку запускать в отдельном процессе, то он будет завершаться и возвращать всю использованную память операционной системе, даже протёкшую. Правда, производительность такого костыля будет печальной.