я работал со связкой Spring Framework, Hibernate, JSP. В качестве сервера Tomcat. Для зависимостей — Maven. Все это очень java way, паттерны, dependency injection и все такое, но больно долго настраивать и писать xml. Вот статья например
habrahabr.ru/blogs/java/111102/.
Если же время поджимает, можно попробовать Play. Его идея это Rails на Java, но с ним я не работал.
Для фронт-енда можно использовать Backbone.js + jQuery в общем случае или какой-нибудь ExtJS или qooxdoo если вам нужны оконные виджеты.